Технологията за ултрафилтрация може да се използва за отделяне и пречистване на лекарства, отстраняване на пироген и стерилизация, особено при отделянето и екстракцията на антибиотици и витамини. Някои учени са предложили метод на ултрафилтрация/екстракция, който основно решава проблема с емулгирането при екстракция на антибиотици, подобрявайки добива на екстракция и качеството на продукта.
Понастоящем адсорбцията с активен въглен обикновено се използва за отстраняване на пирогените по време на приготвянето на инжекции с гинзенозид. Този метод има недостатъци като значителна загуба на общи сапонини и високи производствени разходи. Ултрафилтрацията, от друга страна, ефективно премахва пирогените по време на приготвянето на инжекциите с гинзенозид, като същевременно намалява загубата на общи гинзенозиди. Той е прост, надежден и ефективен. Технологията за ултрафилтрация също е използвана за отстраняване на бактериалните ендотоксини, генерирани по време на производството на ваксина срещу бяс, което води до по-малка загуба на антиген и обогатяване на проби, като по този начин отговаря на изискванията за производство на ваксина.